Zusammen mit der Mittelschule Marktbreit und der Mittelschule Scheinfeld bildet Iphofen den Schulverbund Main-Steigerwald. 

Der Schulverbund mit Marktbreit und Scheinfeld erhält seit mehr als 10 Jahren das Angebot einer M-Klasse in der 7. Jahrgangsstufe, die ohne Umsteigen zum Ziel "Mittlerer Schulabschluss" führt. Im Wechsel gibt es den M-Zug in Scheinfeld und Iphofen. 

Bei entsprechendem Bedarf wird in Iphofen neben dem offenen Ganztagesangebot auch ein gebundener Ganztageszweig angeboten. Auch hier besteht die Möglichkeit für Schülerinnen und Schüler des Schulverbunds, entsprechend ihrer Wünsche und der freien Kapazitäten, innerhalb des Schulverbunds die Schule zu wechseln.